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5. Fedora 针对特定爱好者所做的变更

5.1. 科学和技术

5.1.1. E

Fedora 19 收入了 E 定理证明 1.7 版。改进包括：
  • 改进的自动化模式
  • 针对大型规范的交互式查询
  • 众多小 bug 修复

5.1.2. gabedit

gabedit 升级至 2.4.6。改进包括：
  • Gabedit 现可以读取 GENNBO 文件中的轨道信息
  • GabexitXYPlot 窗口中加入了几个滤镜（Gaussian，Blackman，Blackman-Harris 等）
  • Psi4 得到部分支持：输入文件，几何形状，频率，紫外光谱
  • 加入 NCI（non-covalent interaction index）分析（见 Johnson 等, J. Am. Chem. Soc. 132, 6498 (2010)）
  • 加入电子迁移激发中的空间范围分析（见 Le Bahers 等, J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2498-2506）

5.1.3. gdl

Gnu 数据语言，gdl 更新至 0.9.3。新特性包括：
  • 支持空矩阵和 !NULL 系统变量
  • 丰富了 FOR 循环索引变量类型
  • SCOPE_VARFETCH（仅支持 LEVEL 关键词）
  • 对 .SKIP [NSteps] 命令的支持
  • MOMENT()，MEAN()，STDDEV()，VARIANCE()，SKEWNESS()，KURTOSIS() 中的关键字 DIM
  • FINITE 中的关键词 SIGN
  • READ_JPEG，READ_PNG，WRITE_JPEG，WRITE_PNG 的多项改进
  • WSHOW 中的关键词 ICONIC
  • PLOT， CONTOUR 中的关键词 ISOTROPIC
  • 加入了新的部件特性 WIDGET_LIST 和 CW_GROUP
  • 对一些重载运算符的支持（_overloadIsTrue，_overloadPlus，_overloadMinus，_overloadBracketsLeftSide，_overloadBracketsRightSide，_overloadEQ，_overloadNE）
此外还有新近实现的例程：
  • STRMATCH(), USERSYM
  • LUDC，LUSOL 和 DETERM
  • ROT，CONGRID 和 BILINEAR
  • TV，用于 PS 输出
  • QROMB()，QSIMP() 和 QROMO()
  • TRISOL()
  • STANDARDIZE 和 HIST_EQUAL
  • FX_ROOT
  • FZ_ROOTS

5.1.4. genius

genius 由 1.0.14 更新至 1.0.16。更改包括：
  • 新函数 CurrentTime，MacaulayRep，MacaulayLowerOperator，MacaulayBound
  • 修正了负数的有理数幂，并精确了负有理数幂
  • 修正了函数需要长时间运行时使用鼠标进行图形缩放出现的错误
  • 符号微分法中仅使用一个参数时，可用 log 代替 ln
  • 增加 SurfacePlotData 和 SurfacePlotDataGrid 函数用于任意区面数据绘制，以便能进行更复杂的 3D 绘图和根据数据进行 3D 绘图。
  • 增加 LinePlotDrawAxisLabels 和 SurfacePlotDrawLegends 参数并增加对应 UI 复选框。
  • 增加了 ExportPlot 函数，可从 GEL 中将绘图窗口的内容导出为文件
  • 曲面绘图允许在未指定 z 轴时自动“适应依赖座标轴”。这目前是 UI 的默认设定
  • 增加 sinc、BesselJ0、BesselJ1、BesselJn、BesselY0、BesselY1、BesselYn 函数
  • 绘图窗口小幅增大（目前为 700x500），在 lineplot (2D) 中有更宽的侧边距，可让勾选标签放下。
  • 在 2D 和 3D 绘图中，为了避免标签外观难看，勾选标签会根据需要使用科学计数法
  • 曲面绘制中梯度通常只显示函数的一部分，因此在缩小后使用颜色是很有用的
  • 在输入“help foo”后，如果 foo 未定义或者不在文档中，输出会更简洁
  • When for/sum/prod loops are in terms of floating point numbers and the final number is within 2^-20 times the step size of the goal, assume there were roundoff errors and still execute the body
  • 能够处理扩展后超过 2^15 列的更宽矩阵
  • 解决了在曲面绘制时允许 3D 动画所带来的闪烁问题
  • 修正了在读取格式错误的标准库时可能出现的未初始化崩溃
  • 修正了 LinearRecursiveSequence 并可让其为 n 取向量
  • 修正了共轭转置时未初始化变量的崩溃问题
  • 修正了极端缩小和放大图形时出现的崩溃
  • 修正了 lm 和 Re 的导数
  • 修正了文件选择对话框不从当前目录开始的问题
  • 去除了有关未初始化变量的双重错误
  • 拼写和文档方面的修正
  • 要求 MPFR 至少为 2.3.0

5.1.5. gnome-chemistry-utils

Fedora 19 引入了 gnome-chemistry-utils 的最新版本 0.14.2。与 0.13.99 相比，GChemPaint 的变化有：
  • Fix reaction construction
  • 修正了非成键电子对的问题
  • Do not allow a mesomery destruction when inside a reaction

5.1.6. gromacs

Fedora 19 带来了 gromacs 4.6.1。除 gromacs 本身外，以下相关的软件包也有所变更：
gromacs-bash
gromacs-common
gromacs-csh
gromacs-devel
gromacs-libs
gromacs-tutor（已弃用）
gromacs-zsh
除了众多 bug 修正外，4.6.1 还有以下变化：
  • 将共享对象主版本更新至 8
  • 对 HTML 手册，安装向导，PDF 手册和 shell 补全的更新
  • 新增及改进的错误信息
  • 多项 GPU 性能提升
  • more checks for system support for setting thread affinities
  • 去除了 g_order 中的 inter-flag 依赖
  • 从 4.5.x 分支中引入了新的变更
  • 增加了关于未使用 icc 12 以上版本构建的警告

5.1.7. HippoDraw

Fedora 中已丢弃 HippoDraw。

5.1.8. kst

kst 升级至 2.0.6。新特性有：
  • 用户可见的字符串变更
  • 完成了 UI 改造（特别是 context 菜单 + 将绘图对话框页面与对话框打开方式做了关联，例如：在座标轴上双击时会在合适的位置打开绘图对话框）
  • 极端（特别大/小）的座标轴刻度用科学计数法表示
  • 直接在纯量选择组合框中修改纯量值
  • 组合框内的即输即搜（向量选择）
  • 浏览项目时有滚动/缩放选项，并带有图的内容
  • 改进了自动绘图布局算法
  • 提供了抗锯齿图的选项
  • 鼠标滚轮滚动和缩放
  • 增加拖放功能
  • 数据源文本框将 ~/ 看作 $HOME
  • 圈住的图例可始终放到图形内
  • 新数据源：Matlab .mat 文件读取程序（Matlab 在绘图上很糟糕，但该举动会很有趣，有关规范请参考 http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/pdf_doc/matlab/matfile_format.pdf）
  • 基于 python，类似 mathplotlib 脚本 beta 版（目前仅适用于 Linux）

5.1.9. Octave

octave 更新至 3.6.4。

5.1.10. qcad

Fedora 已丢弃 qcad。

5.1.11. R

R 是一个用于统计计算和绘图的语言及环境。Fedora 19 采用了它的最新版 R 3.0.0，本版本有较大的升级。

必须重新安装软件包

R 的很多附加项都需要重新安装。
3.0.0 版发布的一个主要动力是为了更好地利用 64 位平台，不过还是有大量的函数得到了改进。也许比较明显的就是对长向量支持的大幅提高，但对其它函数的改进也是很多的。
有关该版本 R 的完整信息，读者可阅读位于 http://cran.r-project.org/src/base/NEWS.html 的 NEWS 页面。
除了 R 自身更新外，很多与 R 有关的软件包也有所更新。以下表格列出了这些软件包及其上游网站以便了解更多信息：

表 1. 更新的 R 软件包

软件包 旧版本 新版本 上游 URL
R-affyio 1.22.0 1.28.0 http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/affyio.html
R-Biobase 2.14.0 2.20.0 http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biobase.html
R-BSgenome. Celegans.UCSC.ce2 1.3.17 1.3.19 http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/BSgenome.Celegans.UCSC.ce2.html
R-BufferedMatrix 1.20.0 1.24.0 http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BufferedMatrix.html
R-car 2.0 2.0.16 http://cran.r-project.org/web/packages/car/index.html
R-hgu95av2probe 2.9.0 2.12.0 http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/hgu95av2probe.html
R-IRanges 1.14.4 1.18.0 http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/IRanges.html
R-java 2.15.2 3.0.0 http://www.r-project.org
R-java-devel 2.15.2 3.0.0 http://www.r-project.org
R-lmtest 0.9.29 0.9.30 http://cran.r-project.org/web/packages/lmtest/index.html
R-multcomp 1.2 1.2.17 http://cran.r-project.org/web/packages/multcomp/index.html
R-mvtnorm 0.9.9991 0.9.9994 http://cran.r-project.org/web/packages/mvtnorm/index.html
R-qtl 1.25.15 1.27.10 http://www.rqtl.org/
R-qvalue 1.30.0 1.34.0 http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/qvalue.html
R-rlecuyer 0.3.1 0.3.3 http://cran.r-project.org/web/packages/rlecuyer/index.html

5.1.12. Veusz

veusz 更新至 1.17.1。部分新特性有：
  • 允许非正交图（极坐标图、三元图）使用彩色数据点
  • 移除了不必要的异常数据
  • 新增了断裂座标小部件，可让座标轴数字间带有裂口
  • 网格线通常绘制在数据下方（或上方）
  • Shift+滚轮可左/右滚动
  • 极坐标做图可设置“最小”半径和对数座标轴
  • 增加了更多的 LaTeX 符号
  • 增加 SAMP/Vo 表支持
  • New shifted-points xy line mode, which plots a stepped line with the points shifted to lie between the coordinates given
  • 数据点可拾取至终端及/或剪贴板
  • 允许三元图反转

5.1.13. Sailcut

Fedora 19 新增 sailcut，一个用于设计和可视化船帆的 CAD 软件。

5.2. 电路设计

5.2.1. gtkwave

gtkwave 已由 3.3.41 更新至 3.3.46。

5.2.2. XCircuit

xcircuit 已更新至版本 3.7.44。3.7 版修改了选择机制，可同时顾及点和线段元素以及全部元素。这可让“编辑”功能立刻做为很多元素的拉伸功能使用。
同时还为对象增加了线宽不变的特性。可以让对象实例（比如电路符号）线宽不变，对象缩放时也不会造成线宽的变化。这样一来，在同一个图中重新调整电路符号的相对大小也不会导致针脚处线宽的间断。
其它有用的补充包括：
  • 跟踪用于路径中相邻样条的样条控制点
  • Clipmasks（形状可用于修剪其它元素的外观）
  • 多边形到曲线转换例程
  • 升/降元素的撤销/重做
  • 单步升降元素
  • 梯度场生成器---颜色梯度场由图形图像类型生成

5.3. 嵌入式开发

5.3.1. avr-gcc

avr-gcc 和 avr-gcc-c++ 更新至 4.7.3。变更包括：
  • -fconserve-space 标记已弃用。该标记对多数目标没有什么作用：没有全局 .bss 部分的目标和缺少支持可切换部分的目标除外。此外，该标记仅对 G++ 有作用，将导致错误的语义（更多信息请参考 GCC 手册）。在 GCC 4.8 中该标记会被移除。
  • AVR 移植版的 libgcc 得到了改进，其 multilib 结构得到了增强。因此，所有被应用程序使用的目标文件必须或者用版本不高于 4.6.x 的 GCC 编译，或者用 GCC 版本 4.7.1 或更新版本编译。如果编译器和 AVR Libc 一起使用，那么您需要一个支持新布局的版本，即它要实现 #35407。
  • AVR 端口的 -mshort-calls 命令行选项已弃用。在 GCC 4.8 中会被移除。参考 -mrelax 做为替代。
  • AVR 移植版只会引用清空了 .bss 和常见段的启动代码，初始化 .data 和 .rodata 段仅在相应的段(或其子段)非空时进行，请参考 PR18145。应用程序如果把所有的静态存储对象放到了非标准的段中或者在汇编模块中定义了所有的静态存储对象，就必须手动引用 __do_clear_bss 或 __do_copy_data ，或者通过 -Wl,-u,__do_clear_bss 或 -Wl,-u,__do_copy_data 取消定义这些符号。
  • GCC 版本 4.7.0 和 4.7.1 对 C++ 标准库的改动影响到了 C++11 模式的 ABI：std::list 中增加了一个数据成员，改变了它的大小和一些成员函数的定义；std::pair's 移动构造函数(move constructor)是不平凡的，改变了带有 std::pair 参数或返回类型的函数的调用约定。ABI 不兼容性在 GCC 版本 4.7.2 中得到了修正，但是使用 GCC 4.7.0 或 4.7.1 编译的 C++11 代码可能因此不兼容于使用其他 GCC 版本的 C++11 代码，也不兼容于任何版本编译的 C++98/C++03 代码。
此外，优化器还有许多改进。请参考 http://gcc.gnu.org/gcc-4.7/changes.html 页面了解更多细节。

5.3.2. gputils

gputils 由 0.14.3 升级至 1.1.0。1.1.0 变更有：
  • 增加 -P (--preprocess) 命令行选项用于生成预处理后的汇编文件
  • 增加对未公开的 HALT、TRAP 和 TRET 操作码的支持
  • .inc 和 .lkr 文件与 MPLABX 1.70 进行同步
  • 修正对 12 位扩展指令集，PIC12F529T48A、PIC12F529T39A、PIC16F527 以及 PIC16F570 等设备的支持

5.3.3. z88dk

z88dk 已从 1.10 升级到 1.10.1。这个小改动版本修复了一个 CPP 中使内联汇编器无法正常工作的 bug，还包含了一些微小的目标设备相关的修正(其中包括 ZX81 和 MTX)

5.4. 业余无线电

5.4.1. chirp

chirp 升级至 0.3.0。新特性有：
  • 当原分割不支持时则在导入时自动分割并转换偏移量
  • 对各存储频道进行额外设置以及详细编辑
  • TravelPlus 导入
  • 电台指南导入
此外还支持下列新型无线电：
  • Baofeng UV-5R
  • Icom IC-208H
  • Icom IC-T7H
  • Icom IC-T8A
  • Icom IC-746
  • Kenwood TM-G707
  • TYT TH-UV3R
  • TYT TH-UVF1
  • Yaesu FT-1802M
  • 欧迅(Wouxun) KG-UV6D/UV6X

5.4.2. demorse

demorse 已经升级到版本 1.1。这主要是一个维护发布版，应该没有用户可见的变更。

5.4.3. fldigi

Fedora 19 中引入 fldigi 3.21.68。这主要是一个维护及问题修复版本。

5.4.4. gnuradio

将 gnuradio 升级到版本 3.6.4.1 引入了许多变更，包括：
  • 增加了添加并连接正式定义的异步消息端口到信号处理模块和层级模块的功能
  • PDU (Protocol Data Unit, 协议数据单元) 的概念作为使用新的消息端口传递数据加元数据的惯例
  • 在 gnuradio-core 中有一些新的支持这些能力的通用模块：
    • gr_message_debug
    • gr_message_strobe
    • gr_tagged_stream_to_pdu
    • gr_pdu_to_tagged_stream
  • 两个使用新的 PDU 语义与网络协议栈交互的新模块：
    • gr_socket_pdu
    • gr_tuntap_pdu
  • 添加新的基于 Python 的新号处理模块
  • 添加 gr-analog 顶层组件
  • 添加 gr-blocks 顶层组件
  • 元数据文件源、槽模块
  • GNU Radio 缓冲延迟控制
  • 能够设置 GNU Radio 模块的处理器亲和度
  • 包含 gr_modtool
  • 在原生 C++ 应用程序中使用 GNU Radio 首选项
  • 添加 GNU Radio 模块性能计数器
  • 许多其他非主要特性

5.4.5. linsmith

Fedora 19 集成了 linsmith 0.99.24。改进包括：
  • 对矢量绘图方面的小幅改进。
  • 更好的默认图形颜色值。
  • 修改了 confmgr，实现在配置文件中支持十六进制和八进制数值。
  • 移除了(已废弃的) gnomeprint 依赖。现在打印程序完全依赖 Pango/Cairo 生成图像，使用 GtkPrint 接口做真正的打印工作。
  • 将 papersize_combo 修改为组合框，下拉列表加载可用的纸张尺寸。
  • 修改 confmgr 使其从组合框接受 char *。
  • 实现了上移元素。
  • 将色彩定义的缺省值从奇怪的负值转换为对应的(更易懂的？)十六进制值。
  • 重写了“standard cable”代码，并增加了一些线缆类型。

5.4.6. soundmodem

soundmodem 更新至 0.16，主要是实现与 systemd 的交互操作。

5.4.7. xnec2c

xnec2c 2.1 版包含许多改进：
  • 修改 xnec2c 用户界面使得它会尽可能快地让用户在编辑器窗口中保存并重新打开 NEC2 文件，而无需关闭辐射方向图和/或频率图像窗口
  • 将所有的(已废弃的) GDK 绘图原语替换为等价的 Cairo 图形操作(例如将 gdk_draw_line() 替换为 cairo_line_to())，因为 Cairo 可以更好地支持反锯齿绘图。
  • 添加了代码用于将结构显示、辐射方向图和频率图的数据保存到文件，数据格式适合于 "gnuplot" 绘图程序。